На сьогоднішній день в фондах Миколаївського обласного краєзнавчого музею налічується більше 400 000 музейних предметів: із них більше 350 000 складає основний фонд, більше 70 000 допоміжний. За останні роки музейна збірка щорічно поповнюється новими предметами.
Форми комплектування різноманітні - це експедиції, наукові відрядження, придбання предметів в антикварних салонах, безпосередньо від організацій та приватних осіб, в дар тощо. Виявлення та відбір предметів музейного значення проводиться за темами та групами зберігання, що формуються за принципом виявлення матеріалу при виготовленні предметів.
Так, найбільш об’ємними є збірки «Документи», «Фото», «Археологія».
Вони у сукупності складають майже 120 000 одиниць зберігання - особисті документи, карти та плани, креслення будинків, грамоти, генеалогічні таблиці, афіші, газети, фото краєвидів міста, персоналій, промислових та сільськогосподарських об’єктів(1).
Археологічна колекція охоплює величезний проміжок часу з пізнього палеоліту (близько 20 тис. років тому) до середньовіччя ХIV ст. У фондосховищах зберігаються знаряддя праці з каменю, металу, кісток тварин, матеріали з розкопок курганів доби бронзи, скіфська та сарматська зброя, пам’ятки античної культури та речі часів Київської Русі(2).
Природничі предмети представлені зразками різноманітних мінералів, серед них: агати, опали, мармур, аметисти, тигрове око, чароіт, малахіт, янтар. Уваги заслуговує і наше палеонтологічне зібрання, в яке входять окамянілі рештки представників викопної флори та фауни. У музейних фондах зберігається чимало мокрих препаратів, чучел тварин та гербаріїв, що відображають сучасний рослинний та тваринний світ Миколаївщини.
У групі зберігання «Метал-дерево» представлено: меблі, посуд, музичні інструменти, прикраси, знаряддя праці, іграшки, побутова техніка тощо. Сформовано також колекції особистих речей відомих миколаївців: Ю. Крючкова, М. Лисянського, П. Мущинського, А. Топорова, В. Чайки та багатьох інших(3).
У групі зберігання «Тканини» знаходяться: різноманітні види одягу, декоративно-ужиткові предмети, символіка, взуття, головні убори, вишиті рушники, доріжки, авторські роботи членів творчих об’єднань. Окремими комплексами виділені речі відомих особистостей: В. Лягіна, Р. Малиновського, М. Лисянського, А. Топорова та інш(4).
Безумовний інтерес викликають предмети групи зберігання «Пам’ятки звукозапису» і «Негативи». До груп входять платівки відомих виконавців кінця ХІХ ст., що записувалися на фірмах звукозапису «Лирофонъ», Экстрафонъ», «Фаворитъ», «Рекордъ», «Стела Концертъ Рекордъ», колекція патефонних платівок 30-х рр. ХХ ст., платівок періоду Другої світової війни з піснями у виконанні В. Трошина, К. Шульженко.
Художня колекція музею нараховує 8140 одиниць зберігання. Експонати
групи охоплюють великий період часу, починаючи з 18 ст. і закінчуючи сучасністю. Формувалася вона на протязі всієї історії музею. В художній групі зберігається збірка іконопису для храмових та домашніх алтарів та
твори видатних вітчизняних художників (5).
Вагоме місце у музейній колекції посідають предмети групи зберігання «Кераміка». У ній представлені теракотові фігурки – скульптурні зображення людей і тварин, ужитковий посуд, антропоморфні та зооморфні статуетки. Особливе місце займає колекція фарфорових і фаянсових виробів ХІХ –ХХ ст. зарубіжного і вітчизняного виробництва.
Колекція нумізматики відображає грошову систему багатьох країн світу і містить монети регулярного карбування, ювілейні, пам’ятні та спецвипускові. Музейні предмети, поєднані у підгрупу «Ордени, медалі, знаки» представляють різні країни та окремі історичні періоди. За типологією вони розподіляються на нагороди військові, службові, ювілейні, пам’ятні, знаки приналежності. Велику частину колекції займають нагороди часів Другої світової війни(6).
Група зберігання «Зброя», становить 470 одиниць. Серед них: вітчизняна та зарубіжна холодна і вогнепальна зброя ХIV-ХХ ст. Значна їх частина представлена у постійно діючій експозиції(7).